Fundada mediados do seculo XIX en Sevilla para servizos de cabotaxe de mediano desprazamento na península ibérica. Nos comezos do século XX a Compañía Ybarra tíña en servizo 24 buques, sendo polo número de unidades a terceira de España, despois da Trasmediterránea, e a Compañía Naviera Sota y Aznar. Ybarra ademais mantía a líña regular Mediterráneo ao Río da Prata, con tres magníficos trasatlánticos, propulsados a motor, dunhas 15.000 toneladas e de nova construcción: o Cabo San Antonio, o Cabo San Agustín e o Cabo Santo Tomé. As tres motonaves perdéronse por distintas causas durante o periodo de entreguerras, e seis máis concretamente na guerra civil. A Cía. Ybarra perdera polo tanto todos os seus buques trasatlánticos, e para seguir dando servizo na ruta do Plata tivo que mercar decontado dous vellos liners á American President Lines, aos que rebautizou cos nomes de Cabo de Hornos e Cabo de Buena Esperanza. Dende os anos 50 a empresa foi cubrindo novas rutas de transporte de mercadorías como Antartida, Asia… e tamén atendendo a demanda turística con cruceiros.
No 2005 a Compañía alemá Hamburg-Süd fisoxe cargo da empresa pasandose a chamar Ybarra Sud.