É a empresa armadora de maior tradicion no Brasil. Fundada aló polo ano 1890, dende os seus comezos aglutinaba preto de corenta embarcacións que aportaban as catro empresas de navegación que se anexionaron: a Companhía Nacional de Navegação a Vapor, a Companhía Progresso Marítimo, a Companhía de Navegação da Estrada de Ferro Espírito Santo-Caravelas e a Companhía Brazileira de Navegação a Vapor. Dende seus albores especializouse no transporte de pasaxeiros e de carga costeira do río Amazonas. As rutas foron ampliándose para cubrir o Mediterraneo, Europa do norte, sur e centro de América e mailos Estados Unidos. Ata o ano 1909 a empresa foi cambiando de mans con asiduidade, intervindo tamén o propio goberno brasileiro, quen a deixou nese ano como unha das compañías bandeira na confortabilidade e magnitude de todo o país. A ruta entre Río de Janeiro e Nova Iorque con navíos como o Goyaz e o Castro Alves foi a que abriu o camiño para moitos emigrantes entre o sur e norte de América. O salto a Europa afiuzouse coas rutas entre os portos máis importantes do norte e sur de Europa e o de Nova Iorque, e Brasil. A medida que a empresa medraba, ían mercando novos navíos en Inglaterra e Alemaña, a máis dos xa construídos no propio país.
En 1914 estoupou a Gran Guerra Europea. Varios navíos de orixe alemán como o vapor Asunción e o San Nicolás da Compañía Hamburg-Süd ou o Tijuca da mesma compañía e que rebautizouse como Baependy no ano 1917, foron apresados en augas brasileiras enchendo a lista de navíos da Lloyd Brasileiro e ampliaron os servicios e rutas por America i Europa. Un dos barcos apresados que debemos citar obrigatoriamente é o vapor Curvello. Orixinariamente era da compañía Gertrud Woermann que cubría a ruta entre Europa e Africa, pasou de mans alemás a mans brasileiras ata 1943 cando foi afundido por un navío británico, transportando material bélico e catrocentos pasaxeiros.
O novo periodo de crise que supuso a posguerra determinou a segunda gran renovación coa creación da nova Companhía de Navegação Lloyd Brazileiro como sociedade anónima e con Manoel Buarque de Macedo como parte da sua directiva ata 1923 en que foi sustituido por Antônio Sabino Cantuária Guimaraes, que dirixiu a compañía refulxentemente ata o seu asasinato en 1927 no seu despacho a mans dun capitán de barco.
En 1935 a compañía gozaba dunha frota de 69 navíos, pero a segunda guerra mundial truncou de novo os soños de expansión da compañía. A pesares de que mercaran a armadora americana Moore-McCormack Lines con trece vapores para carga e catro de pasaxeiros, entre os anos 1942 e 1945 foron afundidos preto de dez navíos por submarinos alemáns. Neses anos os portos brasileiros trataban de ser un bo agocho para os barcos italianos e británicos, pero moitos deles foron apresados. Outros, como o barco D. Pedro II, transportaban tropas cara Europa co fin de rematar o conflicto.
Nas decadas seguintes foron adquiríndose novos navíos e ampliandose os sectores de servicio da empresa. Deste xeito en 1970 notificánse dezanove liñas internacionais e 31 navíos. Comenzaba o que sería a terceira e derradeira gran renovación da compañía que afincou o traballo en 130 portos de todo o mundo ata a sua extinción en 1997.